Špitál s kostelem sv. Jošta založil kolem roku 1330 krumlovský vladař Petr I. z Rožmberka. Špitál poskytoval základní zaopatření pro nemocné a chudé obyvatele města. V letech 1594 - 1599 byl architektem Dominikem Comettou původní kostel přestavěn a současně vybudována nová věž.
Nový kostel byl zasvěcen Nejsvětější Trojici a krumlovský vladař Petr Vok z Rožmberka ho věnoval krumlovským protestantům. Měl také v úmyslu vybudovat si v kostele hrobku pro sebe a svou manželku Kateřinu z Ludanic. Ze záměru ale nakonec sešlo a Petr Vok byl pohřben v rodinné hrobce v klášteře ve Vyšším Brodě.
Kostel byl po jeho smrti navrácen katolíkům a znovu vysvěcen ve jménu sv. Jošta. V roce 1765 byla ještě barokně upravena kostelní věž kostela, ale již v roce 1788 byl kostel v rámci reforem císaře Josefa II. zrušen a postupně přestavěn na obytný dům. Špitál existoval dál a plnil svoji funkci až do roku 1922.