Minoritský klášter (dnes Klášter rytířského řádu křižovníků s červenou hvězdou) byl založen roku 1350 z iniciativy krumlovského vladaře Petra I. z Rožmberka a jeho manželky Kateřiny jako sdružený klášter minoritů a klarisek se společným kostelem.
Součástí areálu byl od konce 14. století také dům pro laické společenství zbožných žen, tzv. bekyň. Působení klarisek ukončily reformy císaře Josefa II v roce 1785 a minorité zůstali v klášteře až do roku 1950. Poté byl klášterní areál využíván ke světským účelům. V roce 1995 jej získal řád Křížovníků s červenou hvězdou.
Do klášterního areálu se vstupuje branou se znakem řádu Křížovníků, za níž se nachází malý park zvaný Tramín.
Klášterní kostel Božího Těla a Bolestné Panny Marie byl vysvěcen v roce 1358 a výrazně barokně přestavěn v letech 1649 - 1681.
Interiér kostela je jedinečnou galerií barokního církevního umění. Hlavní oltář dal v letech 1679 - 1682 zbudovat kníže Jan Kristián z Eggenberku s manželkou Eleonorou. Jejich sdružený erb je umístěn ve střední části oltáře. Oltářní obraz od Matyáše Leithnera znázorňuje Pannu Marii s Kristem a sv. Františkem a obraz v nástavci představuje žehnajícího Boha. Raně renesanční architekturu oltáře dotvářejí sochy od eggenberského sochaře Jana Woratha. V dolní úrovni stojí zleva sv. Petr, sv. František, sv. Antonín Paduánský, sv. Pavel a nad nimi sv. Ambrož se sv. Augustinem. Oltář vrcholí sochou archanděla Michaela s pokořeným ďáblem u nohou.
Vynikajícím řezbářským dílem je barokní kazatelna z roku 1746. Její řečniště zdobí zlacený reliéf, znázorňující výjevy ze života sv. Františka a nad baldachýnem je do obláčků a paprsčité záře vkomponováno sousoší Zvěstování Panně Marii. Na baldachýnu je umístěn alianční erb donátorů - knížete Josefa Adama ze Schwarzenberku a jeho ženy Marie Terezie z Lichtensteinu
Pozoruhodný je také raně barokní oltář Panny Marie z 2. poloviny 17. století u jižní stěny kostela s reliéfem Korunování Panny Marie a sochami sv. Benedikta, Bernarda a Jana Evangelisty. Na protější severní stěně se nacházejí další tři barokní oltáře s bohatou řezbářskou a sochařskou výzdobou: oltář sv. Františka z roku 1741 s obrazem Stigmatizace sv. Františka z roku 1641, oltář sv. Jana Nepomuckého z roku 1740 se sochami tří sv. Janů – Jana Nepomuckého, Jana Evangelisty a Jana Křtitele a oltář Bolestné Panny Marie z r. 1727, jehož barokní výzdoba tvoří působivý rámec pro gotické sousoší Piety z let kolem roku 1350.
K jižní straně kostela přiléhají klášterní budovy. Jejich nejvýznamnější částí je křížová chodba z doby kolem roku 1500. Je zaklenutá síťovou klenbou a její severní křídlo tvoří unikátní dvojlodní prostor rozdělený tordovanými (zatáčenými) žulovými sloupy. Uprostřed západního křídla se vstupuje do kaple sv. Wolfganga, vysvěcené v roce 1491. Dochovaly se v ní zčásti původní pozdně gotické nástěnné malby a zčásti barokní nástěnné malby z roku 1781 od J.V. Tchőppera, znázorňující výjevy ze života sv. Wolfganga. Uvnitř kaple je osazen náhrobní kámen Anny Vojířové, členky rožmberského fraucimoru.
Další zajímavý náhrobní kámen je umístěn v křížové chodbě na stěně sousedící s klášterním kostelem. Jedná se o náhrobník rodiny Michaela Antonína z Ebbersbachu, který žil v domě č. 77 v Široké ulici a působil jako alchymista na dvoře krumlovského vladaře Viléma z Rožmberka. Po Vilémově smrti v roce 1592 byl kvůli finančním podvodům uvržen do zámeckého vězení, kde v roce 1593 zemřel.
Na stěnách křížové chodby jsou zavěšeny obrazy z 2. poloviny 17. století představující výjevy ze života sv. Františka a ve východním křídle je instalována část pokladu řádu Křížovníků. Vnitřní stěny křížové chodby se otevírají okny s bohatými pozdně gotickými kružbami do tzv. rajského dvora. V jeho středu byla v roce 1686 vybudována kaple Panny Marie Einsiedelnské jako volná replika původní kaple ve švýcarském kantonu Schwyz. Nad vstupem do kaple je umístěn erb zakladatelů - knížete Jana Kristiána z Eggenberku a jeho ženy Marie Ernestiny, rozené ze Schwarzenberku a uvnitř kaple je oltář se sochou Černé Matky Boží Einsiedelnské z 2. poloviny 17.století.