Muzejní sbírky obsahují mimo jiné bohatý fond gotického sochařství, jehož součástí jsou např. sv. Kateřina a sv. Markéta z 80-tých let 14.století, sv. Anna Samatřetí po roce 1520, monumentální socha sv. Wolfganga, z let 1450-60, sv. Petr a Pavel z doby kolem roku 1520 a  Pieta z 1. čtvrtiny 15. století.

Součástí muzejních sbírek  je také kompletně zachovaná barokní lékárna, původem z krumlovské jezuitské koleje. Zařízení lékárny, které vzniklo postupně během 17. – 18.století, tvoří bohatě vyřezávané regály s obrazy sv. Jana Nepomuckého a sv. Pantaleona, socha Panny Marie a soubor 200 nádob a lékárnických nástrojů.

Neobyčejně působivá je etnografická expozice s lidovým nábytkem, pracovními nástroji a lidovým uměním z 2.poloviny 19.století.

Bližší informace o muzeu a aktuálních výstavách naleznete na webu www.museum-krumlov.eu.