Židovská náboženská obec byla v Českém Krumlově založena v roce 1893 a v roce 1909 byla zahájena stavba nové synagogy. Plány zpracoval pražský architekt Viktor Kafka a stavbu, dokončenou v roce 1910, provedla firma F. Sosny. Nová synagoga, vybudovaná ve strohém novorománském slohu, pojmula 180 věřících a v jejích prostorách byla navíc umístěna zimní modlitebna, učebna a byt s kanceláří rabína.

V 2. polovině 20. století nebyla synagoga využívána k původnímu účelu a postupně chátrala. V roce 1999 byla zahájena její rekonstrukce a Pražská židovská obec a Krumlovské Egon Schiele Art centrum připravuje její využití k výstavním účelům.