Svěcení proběhlo v roce 1439. V době kolem roku 1500 vybudovali měšťané v západní části kostela velkou hudební tribunu a další významnější úpravy následovaly v barokním období. Mimo jiné byla v roku 1638 postavena nová sakristie při jižní straně kostela a na severní straně vyrostla v letech 1725 - 1726 nákladem knížete Adama Františka ze Schwarzenberka a jeho ženy Eleonory Amalie kaple sv. Jana Nepomuckého. V jejím sousedství byla v 18. století upravena původně středověká kaple Vzkříšení. V barokní době získal kostel také nové oltáře i další vnitřní vybavení.

Architektonický a umělecký vývoj kostela završily novogotické úpravy  na konci 19. století. Od té doby probíhaly v kostele zejména  opravy a restaurátorské práce. Významnější změna nastala pouze v interiéru severní sakristie, kde byla v roce 1997 zřízena kaple sv. Václava.

+11 GALERIE

Vnitřní prostor chrámu je utvářen jako halové trojlodí, které je typické pro období vrcholné a pozdní gotiky. Téměř celý prostor chrámu lze přehlédnout z jednoho místa, výška, šířka i délka chrámu se harmonicky vyrovnávají a vytvářejí jednotný, rovnoměrně prosvětlený celek. Kněžiště uzavírá síťová klenba, konstruovaná po vzoru klenutí kostela v Milevsku. V klenbě hlavní lodi je namalovaný znak Linharta z Aldeberka, který je pravděpodobně autorem projektu kostela.

Hlavní oltář je raně barokní z roku 1683 a byl vytvořen nákladem knížete Jan Kristiána z Eggenberku a jeho manželky Marie Ernestiny, rozené ze Schwarzenberku. Jejich sdružený erb je umístěný uprostřed oltáře. Hlavní oltářní obraz znázorňuje Korunování Panny Marie a na horním obraze je zobrazena korunovace sv. Víta. Oltář dotvářejí sochy světců. Na vrcholu stojí zemský patron sv. Václav, po jeho pravici sv. Kateřina a naproti sv. Barbora. Níže stojí sv. Ignác z Loyoly a  sv. František Xaverský a v dolní části nalevo sv. Petr a proti němu sv. Pavel.

Vedlejší oltáře sv. Františka Xaverského a Panny Marie v hlavní lodi jsou novogotické z let 1897 - 98. Rokoková kazatelna z poloviny 18. století je ozdobená reliéfem Zvěstování Panny Marie a sochou Krista v symbolické podobě tzv. Dobrého pastýře.

V levé boční lodi se nacházejí dvě nástěnné malby. Malba napravo z doby kolem poloviny 15. století, znázorňuje sv. Anežku Římskou, sv. Alžbětu, sv. Barboru a sv. Kateřinu. O něco starší malba nalevo představuje Ukřižování se sv. Janem, P. Marií, sv. Voršilou, dalším světcem a dvěma klečícími donátory.

K levé boční lodi je přistavěna kaple sv. Jana Nepomuckého z roku 1726, v níž jsou uložena srdce některých členů rodu Schwarzenberků. Oltář v kapli s obrazem sv. Jana Nepomuckého je z roku 1725. 

Po stranách vstupu do kaple jsou na zdi osazeny náhrobní kameny z hrobu Viléma z Rožmberka a jeho třetí manželky Anny Marie Bádenské. Obě desky byly původně součástí monumentálního náhrobku postaveného na konci 16. století v kněžišti kostela. Vedle kaple sv. Jana Nepomuckého je vstup do původně středověké a v 18. století barokně upravené kaple Vzkříšení. Její stěny vyzdobil v roce 1777 nástěnnými malbami František Jakub Prokyš.

Malé barokní varhany nad vstupem kostela pocházejí z roku 1716 a hlavní varhany postavil roku 1908 v romantickém novogotickém stylu pražský varhanář Heinrich Schiffner.

Někteří odborníci se domnívají, že z  kostela sv. Víta pochází také proslulá Krumlovská Madona, vynikající dílo internacionálního gotického slohu z doby po roce 1400, která je dnes majetkem uměleckohistorického muzea ve Vídni.